由“黑色”裁决“黑色”——
德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！
目标的共同点是？组织的目的是？
不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。
宿命的相遇，突然——
东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。
暴露的双重面孔！
因为眼睛的特征是一致的，灰原担心其真实身份就是组织的NO.2（2号人物）——朗姆。另一方面，正当柯南寻找接近宿敌的机会时，突然间这个女性在看到摩天轮时发作了起来。这时候她喃喃自语的是“司陶特、威士莲、阿夸维特、基尔、波本……”果然她的真实身份是黑衣组织的一员！而在她被送入警察医院后，FBI与公安[注1]推测时机已成熟，便悄悄展开了行动。
互相争夺“秘密”！
根据FBI赤井秀一的调查，日本警察某份资料被窃取之事得到证实。那就是间谍的名单“NOC List”（非官方卧底[注2]名单）。这份资料一旦流入组织手中，世界的情报机关将会崩溃，且潜入组织的公安——安室透与CIA（美国中央情报局）——水无怜奈的性命也将陷入危险中。在柯南与赤井追查案件的同时，琴酒将水无和安室拘禁。此时，旁边贝尔摩得的手机响了。那位下达指示的是……[12]
[注1] 公安，指公安警察，日本警察厅中从事调查、收集情报的组织。[13]
[注2] 非官方卧底（英语：Non-official Cover），指伪装成平民身份潜入其它国家或地区的秘密情报人员。
